1982年，山东省人民政府批准在长岛建立鸟类自然保护区。1984年，国家林业部批准建立山东省长岛候鸟保护环志中心站。1988年，国务院批准建立长岛自然保护区，为山东省第一个国家级自然保护区，是中国开展鸟类环志工作的主要基地。

长岛的保护区面积8000公顷。其中，湿地2500公顷。长岛民宿由于这里是亚洲东部候鸟迁徙的重要路线，故有“候鸟旅站”之称。每年保护着上百万春来秋往的候鸟。

据长岛环志中心站调查，飞经这里的候鸟有19目50科240种，占全国鸟类的19％，占山东省鸟类的69.5％。其中,属国家一级保护的有丹顶鹤、白鹳、金雕、白肩雕、大鸨、白鹤、黑鹳、中华秋沙鸭和白尾海雕9种；属二级保护的有大天鹅、鸳鸯、游隼、蜂鹰、大鵟、苍鹰、燕隼、鹰鸮、长耳鸮、短耳鸮和草鸮等 40种；纯属湿地生活的黑尾鸥、海鸬鹚、雨燕、翠雀等有85种；被外国作为国鸟的有7种，列入世界《濒危动植物红皮书》中的11种，列入《中日保护候鸟及栖息环境协定》中的有164种，占其72％。这些雀鸟大致可分为昼迁夜栖的猛禽和夜迁昼栖的雀形目鸟两大部分；按其特征和习性，可分为猛禽类、游禽类、涉禽类、攀禽类和鸣禽类。       

长岛的地理位置特殊，生态环境良好。山上，青松、侧柏苍翠如滴，郁闭度高；山下，刺槐、樗树、白榆、家槐、加杨、泡桐、芙蓉、合欢等混交林枝繁叶茂；沟旮里、山坳间紫穗槐、南文藤、胡枝子、扁担杆、蛇葡萄、荆棘和山菊、佩草、艾蒿等灌木、野草丛生；湿地的碱篷、芦苇、二色补血草旺盛。建国后，岛上大搞植树造林，绿化海岛，森林覆盖率达到53.2％，木本植物达到270种，草本植物620余种，陆生无脊椎动物400余种，浅海、滩涂各种鱼、虾、蟹、螺及无脊椎动物近1000种，藻类119种，自然成为候鸟、旅鸟的中转补给站。   

鸟在迁徙中并非一帆风顺。20世纪80年代以前鸟的天敌主要是人类。也许是生计所需,抑或是科盲行为长岛旅游，海岛人历以捕鸟为副业，大发“飞来”之财，猎鸟习俗可追溯到200年以前。人们依据鸟的飞行、栖落、觅食、鸣叫等行为习性，采取张网猎捕、枪打弹击、杆套扣勒、驯鹰捉拿、钩钓笼诱等手段，使成千上万的候鸟遭到捕杀。20世纪70年代末期，岛上建有鸟类罐头厂，以特殊的山珍野味诱惑市场；商业部门大量收购猛禽,供外贸加工造型出口。许多杜鹃、黄鹂、啄木鸟和猫头鹰等农林之友，一度在餐桌上倍受青睐。然而，大量的森林之友被捕猎，导致了岛上的松毛虫泛滥成灾,人们不得不自食其果。
        1982年4月，长岛被山东省划为鸟类自然保护区，1988年5月被国家划为鸟类自然保护区。县、乡、村分别制定了护林爱鸟法规和乡规民约，每年9-10月，开展“爱鸟月”活动。从此，海岛人清算了昔日的科盲行为，视鸟为友，护林爱鸟成为行为的准则，文明的标志。1985年，在南长山岛的烽山，建立了候鸟标本展览馆。它以礓头千亩林海为依托，集观景、赏鸟、登山于一体，成为长岛重要旅游景点之一，馆内陈列途经长岛的候鸟标本200余件。这些标本制做精巧、形象逼真，生动地再现了鸟的翻飞、觅食、追逐、登枝和鸣转等各种姿式和神态。标本配有鸟的名称，人们可依据岛屿位置、迁飞路线和讲解员的介绍，丰富鸟类知识，增强爱鸟感情，规范护鸟行为。每逢“爱鸟月”，中小学生都要攀山进阁，领略大自然的魅力，交流护鸟经验，表彰先进典型，鸟阁成为师生的的第二课堂。

长岛既是鸟类的保护区，又是研究鸟类理想的科研基地。长岛旅游攻略1984年，林业部、山东省林业厅在长岛保护区设立了候鸟保护环志中心站。环志，是我国新兴的一种研究鸟类迁徙规律及生物生态学的方法。即把嵌有国籍和放环部门字样的铝(或其它材料)制环，环套在被考察鸟的跗蹠上登记放飞。通过回收环志鸟，研究鸟的迁徙时间、路线、范围、鸟的繁殖、换羽、越冬及鸟的群种消长等规律，为保护、开发利用鸟类资源，提供科学依据。1984年。首次环志放飞300多只，至1995年，已累计环志放飞12目，25科，68种，共39281只环志鸟。其中，属国家重点保护的猛禽达17种、29876只，占全国猛禽环志总数的 80％，同时，在5个国家和国内近30个省市回收环志鸟99只，回收率居全国之前列。通过环志回收得知，飞行速度最快的是1984年9月28日放飞的红隼，环号H00一0713,经过11天在广东省博罗县回收，飞行距离1760公里，除去歇息时间，每天平均飞行160公里；国际飞行最远的是1994年 10月3日放飞的雄性雀鹰，11月在马来西亚回收，图上直线距为3960公里。目前，放飞后回收时间最长的是1994年9月18日在大黑山岛安桥山猎场回收的雌性雀鹰，系1988年9月29日在同点放飞的，历时6年。10多年来，长岛环志中心站为我国鸟类研究积累了近30万个珍贵数据。
        “处暑的鹞子，白露的鹰，清明时节雀北行”。欲要环志，必先猎捕环志鸟。时到春秋季节，环志工作者便组织富有经验的猎手分别在大黑山岛和北隍城岛选择鸟类栖息的优势区，布设网场，定点猎捕，就地放飞。秋季，大黑山岛猎场设在老黑山和安桥山。只见上百亩的青松林中，猎手依山就势，沿着鸟的走向，扼住隘口要道，自上而下，从东往西，布设四周包围形的、纵横交形的、平行重叠形的、中心辐射形的网阵，以至形成了里三层外三层的迷魂阵。大凡雀鸟投山入林，多有来无去。人们在山上安营扎寨，风餐露宿，要连续狩猎70天左右，人都快野化了。然而望着一只只肩负特殊使命的环志鸟飞上蓝天，他们有无比的幸福与喜悦。
        候鸟的迁徙是不受国界、区域的限制。如在青岛、上海、昆明栖息的黑尾鸥、银鸥，通过环志回收才知道它们是来自俄罗斯贝加尔湖的“客人”。因此，猎捕一环志一回收，只有回收才有环志的价值。为适应环志工作的长期性、国际性和群众性的需要，我们要把发现的环志鸟，及时报告给全国环志中心，也可抄下环面文字符号邮寄。所以，保护环志鸟应是每个公民应有的美德。
        “护鸟带来海岛绿，植树引进百鸟来”。10多年来，长岛人植树、绿化、爱鸟、护鸟蔚然成风。山东长岛旅游《旅站辟建鸟乐园》、《黄嘴白露遇恩人》、《苍鹭信鸽重展翅》、《战士年关救鸨》、《雨夜船救不速客》等等军民护鸟救鸟的事迹，层出不穷。林鸟相得益彰，人鸟有情林为媒，人们终于从实践中悟出了自然生态平衡的真谛。岛上人有句话，“思想不通栽树不活”。而今绿化，不仅是国防的需要，美化环境的需要，而且关系到海岛人的生计，子孙的繁衍和人类生存之必需。大自然已经给长岛自然保护区以最高的奖赏：“人爱鸟，鸟护林，林涵水，水养人”。